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淺析COIP的正確操作步驟!小編來(lái)帶你了解一下!

更新時(shí)間:2022-09-08 00:00:00       點(diǎn)擊次數(shù):8387

  淺析COIP的正確操作步驟!小編來(lái)帶你了解一下!
  一、細(xì)胞的甲醛交聯(lián)與超聲破碎(第一天)
  1.取出1平皿細(xì)胞(10cm平皿),加入243ul37%甲醛,使得甲醛的終濃度為1%(培養(yǎng)基共有9ml)。
  2.37℃孵育10min。
  3.終止交聯(lián):加甘氨酸至終濃度為0.125M。450ul2.5M甘氨酸于平皿中?;靹蚝?,在室溫下放置5min即可。
  4.吸盡培養(yǎng)基,用冰冷的PBS清洗細(xì)胞2次。
  5.細(xì)胞刮刀收集細(xì)胞于15ml離心管中(PBS依次為5ml,3ml和3ml)。預(yù)冷后2000rpm5min收集細(xì)胞。
  6.倒去上清。按照細(xì)胞量,加入SDSLysisBuffer。使得細(xì)胞終濃度為每200ul含2x106個(gè)細(xì)胞。這樣每100ul溶液含1x106個(gè)細(xì)胞。再加入蛋白酶抑制劑復(fù)合物。假設(shè)MCF7長(zhǎng)滿板為5x106個(gè)細(xì)胞。本次細(xì)胞長(zhǎng)得約為80%。即為4x106個(gè)細(xì)胞。因此每管加入400ulSDSLysisBuffer。將2管混在一起,共800ul。
  7.超聲破碎:VCX750,25%功率,4.5s沖擊,9s間隙。共14次。
  二、除雜及抗體哺育(第一天)
  1.超聲破碎結(jié)束后,10000g4℃離心10min。去除不溶物質(zhì)。
  2.留取300ul做實(shí)驗(yàn),其余保存于-80℃。
  3.300ul中,100ul加抗體做為實(shí)驗(yàn)組;100ul不加抗體做為對(duì)照組;100ul加入4ul5MNaCl(NaCl終濃度為0.2M),65℃處理3h解交聯(lián),跑電泳,檢測(cè)超聲破碎的效果。
  4.在100ul的超聲破碎產(chǎn)物中,加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50xPIC。
  再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4℃顛轉(zhuǎn)混勻1h。
  5.1h后,在4℃靜置10min沉淀,700rpm離心1min。
  6.取上清。各留取20ul做為input。一管中加入1ul抗體,另一管中則不加抗體。4℃顛轉(zhuǎn)過(guò)夜。
  三、檢驗(yàn)超聲破碎的效果(第一天)
  1.取100ul超聲破碎后產(chǎn)物,加入4ul5MNaCl,65℃處理2h解交聯(lián)。
  2.分出一半用酚/氯仿抽提。電泳檢測(cè)超聲效果。
  四、COIP免疫復(fù)合物的沉淀及清洗(第二天)
  1.孵育過(guò)夜后,每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4℃顛轉(zhuǎn)2h。
  2.4℃靜置10min后,700rpm離心1min。除去上清。
  3.依次用下列溶液清洗沉淀復(fù)合物。清洗的步驟:加入溶液,在4℃顛轉(zhuǎn)10min,4℃靜置10min沉淀,700rpm離心1min,除去上清。
  洗滌溶液:
 ?。?)lowsaltwashbuffer-onewash
 ?。?)highsaltwashbuffer-onewash
 ?。?)LiClwashbuffer-onewash
 ?。?)TEbuffer-twowash
  4.清洗完畢后,開始洗脫。
  洗脫液的配方:100ul10%SDS,100ul1MNaHCO3,800ulddH2O,共1ml。
  每管加入250ul洗脫buffer,室溫下顛轉(zhuǎn)15min,靜置離心后,收集上清。重復(fù)洗滌一次。最終的洗脫液為每管500ul。
  5.解交聯(lián):每管中加入20ul5MNaCl(NaCl終濃度為0.2M)。
  6.混勻,65℃解交聯(lián)過(guò)夜。
  五、DNA樣品的回收(第三天)
  1.解交聯(lián)結(jié)束后,每管加入1ulRNaseA(MBI),37℃孵育1h。
  2.每管加入10ul0.5MEDTA,20ul1MTris.HCl(PH6.5),2ul10mg/ml蛋白酶K。45℃處理2h。
  3.DNA片段的回收----omega膠回收試劑盒。最終的樣品溶于100ulddH2O。
  

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